幼き日に最愛の母親、トリシャ・エルリックを亡くしたエルリック兄弟は、母親を生き返らせようと、錬金術における最大の禁忌、人体錬成を行う。　　しかし、錬成は失敗し、エドワードは左脚を、アルフォンスは自らの身体全てを失ってしまった。　　多くの強敵が現れる中、元の体に戻る方法を探すため2人は旅に出る。