【あらすじ】
舞台はキョートからネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョーム・ストリートに!
儚き美少女ニンジャ、ヤモトコキ参戦!!

デスドレイン一味とのイクサに勝利したダークニンジャ、
ザイバツにガンバルゾーの声が響き渡り、とあるキョートの
片隅では、青年カタオキがニンジャ、シルバーキーとして覚醒する!

そして舞台はキョート、ガイオン・シティからネオサイタマ、
ネオカブキチョのニチョーム・ストリートに!

そこには街を密かに護るニンジャ、ネザークイーンがいた。
その正体は、ゲイバーを営むオネエ、ザクロ!
このゲイバーにアンニュイな雰囲気を纏う美少女の姿があった。
名を、ヤモトコキ、彼女もまたニンジャである。

ニチョームを覆う陰謀を解決すべく動きだしたヤモトとネザークイーン。
そこへニンジャスレイヤーとシルバーキーが深く関わっていく……。

果たしてネオカブキチョに平穏は訪れるのか?
そしてキョートからネオカブキチョに現れたニンジャスレイヤーの目的とは!?