【あらすじ】
平和主義の忍者 vs. 無敵の忍者。百鬼夜行の「もののけ」といざ、決戦!!!

今日花の涙に、修行と再び向き合う決意をした鵬一郎。忍者と陰陽師、最強バディの仲は更に深化! しかし今日花にはまだ隠していることがあるようで…?
一方、京都の地で内乱を企てる敵組織は立ち向かう鵬一郎たちを直接攻撃!
果たして黒幕の真の狙いとは――?
未来へつなぐ京都事件解決アクション、堂々完結!!!