“水の国”で行われる式典に招待されたカタスケの護衛任務により、アカデミーの修学旅行以来ぶりに霧隠れの里へとやってきたボルトたち第七班。
ボルトは修学旅行の時に友人となった枸橘かぐらと無事に再開を果たすのだが再会を喜ぶのも束の間、
舟戸一族と呼ばれる海賊集団によるテロ事件が発生する。
事件に巻き込まれる形で、ボルトたち第七班と別途“水の国”の任務に訪れていた第五班はかぐらと共に舟戸一族と戦う事になる。
その中で舟戸一族の幹部を倒し、船大工を目指す少年・イカダと友人になるなど、様々な出会いや困難を乗り越え、
舟戸一族との戦いがようやく終息へと向かっていたかと思われた矢先、予期しない出来事により、霧隠れの里と舟戸一族の戦いは更に激化する。
それは “水の国”全体を巻き込む、戦争へと発展していってしまう。
ボルトは、復讐が復讐を呼ぶ死闘へと誘われていくのだった――