天空の楽園の異名を持つ観光宇宙船『スカイ・エデン』。
謎の爆発によって墜落したその船に近藤と新八がたまたま乗り合わせていた。
二人の無事を祈りながら救助活動に当たる土方と銀時。
一方、船から脱出したはずの幕府の客人と護衛の信女が行方不明となっていた。
幕府より信女達の捜索と事件の解明を優先するように命じられた真選組は現場を離れなければならなくなる。
近藤から任された真選組を護る為、心を引き裂かれる思いで近藤の救助を断念する土方。
その彼の想いを受け止め、近藤を探す銀時。
だが、二人の願いを打ち砕くように大型の台風が接近していた……