幕府主催の歓迎式典で主賓である異星の王を殺害し、将軍茂々を拉致した土方と銀時。その襲撃には天才陰陽師・結野晴明も絡んでいることが発覚する。
彼らが何故そんな暴挙に出たのかわからぬまま苦しい立場で捜索を始める真選組。
一方、襲撃の際に強烈な光を浴びた銀時は目が見えなくなっていた。彼の手を引きながら土方は逃亡を続ける。銀時にも言えない秘密を抱えて……
銀時の見えない目は土方の真実を見通すことができるのか。