素パスタと水道水で糊口をしのぐ極貧女子高生・黒乃あかりは、ある日怪しげなオカルトショップの高給バイトに応募する。
気になる仕事内容は、人間世界を脅かす闇の存在「暗黒ぬい」を捕獲すること!

怪しげな店長・アメンパインと、オカルト好きな同僚・明治こよと一緒に、レッツ捕獲★暗黒ぬい～～!